Situé au 1er étage de l'hôpital, ce laboratoire correspond à la définition d'un L2 vrai, c'est-à-dire comprenant un sas en surpression, 3 laboratoires et 1 pièce noire de microscopie en dépression, des filtres HEPA, et des hottes PSM de type II.
Le L2 est ouvert à toutes les personnes travaillant en priorité dans les formations constituantes de l'IMRB et accessoirement à d'autres laboratoires travaillant en collaboration avec l'une de ces formations constituantes.